Bộ assay Ung thư SureSelect CGP

Xét nghiệm SureSelect Cancer CGP cung cấp khả năng giải trình tự DNA và RNA song song giúp phát hiện các kiểu biến đổi soma chính bao gồm đột biến nucleotide đơn (SNV), biến thể số bản sao (CNV), chèn/xóa (indel), chuyển vị (TL) ; dấu ấn sinh học ung thư miễn dịch, mức độ đột biến khối u (TMB) và bất ổn định vi vệ tinh (MSI); và dung hợp gen RNA. Tự tin về kết quả với hiệu suất cao được tối ưu hóa sử dụng mã vạch phân sửa lỗi (molecular barcode), phân mảnh bằng enzyme thuận tiện và lượng mẫu đầu vào tối thiểu. Quy trình làm việc có thể chỉnh sửa phù hợp nhu cầu của phòng thí nghiệm với các tùy chọn để kết hợp các giải pháp phân tích dữ liệu, tự động hóa và QC mẫu.

Quy trình NGS linh hoạt

Kết quả thu được các thư viện NGS có độ phức tạp cao với quy trình làm việc linh hoạt và hiệu quả. Có thể sử dụng hệ thống chuẩn bị thư viện tự động và làm giàu mục tiêu để chuyển từ QC mẫu axit nucleic sang kết quả giải trình tự trong vòng chưa đầy bốn ngày. Mẫu có thể được giải trình tự trên hệ thống Illumina NextSeq, HiSeq và NovaSeq. Phân tích dữ liệu, đánh giá các biến thể liên quan lâm sàng ngày trong phòng thí nghiệm của bạn

QC mẫu & thư viện

Kết quả chất lượng cao phụ thuộc vào mẫu đầu vào chất lượng cao. Hệ thống Agilent TapeStation là giải pháp điện di tự động dùng kiểm soát chất lượng của nhiều loại mẫu DNA và RNA. Công nghệ ScreenTape đã được chứng minh cho thấy tính dễ sử dụng vượt trội và cho phép phân tích kích thước, số lượng và tính toàn vẹn của mẫu.

Tự động hóa quá trình chuẩn bị thư viện và làm giàu mục tiêu

Chuẩn bị các thư viện chất lượng cao, sẵn sàng giải trình tự với tính nhất quán và hiệu quả sử dụng phòng thí nghiệm cao hơn bằng giải pháp tự động hóa để chuẩn bị thư viện và làm giàu mục tiêu. Chọn giữa hai hệ thống tự động hóa từ Agilent, cả hai đều hỗ trợ quá trình phân mảnh DNA bằng enzyme, phiên mã ngược từ RNA và làm sạch hạt. Các hệ thống tự động hóa này cung cấp chương trình đặt máy với điều kiện sử dụng hoá chất SureSelect

Magnis NGS Prep là một hệ thống để bàn hoàn toàn tự động, dễ sử dụng, yêu cầu tối thiểu về nhân lực và chuyên môn về NGS để vận hành. Hoá chất được định lượng trước và chương trình chạy được thiết lập sẵn cho phép thời gian cài đặt chỉ 15 phút. Các chức năng đảm bảo chất lượng tích hợp bao gồm đèn UV để khử nhiễm giữa các lần chạy và quét mã vạch tự động để đặt vật tư tiêu hao chính xác. Hệ thống Magnis NGS Prep có thể chuẩn bị tối đa 8 thư viện mỗi lần chạy và tối đa hai lần chạy mỗi ngày.

Bravo NGS là hệ thống xử lý chất lỏng để tăng thông lượng, cho phép người dùng mở rộng quy mô và chuẩn bị đồng thời tới 96 thư viện, trong khi vẫn duy trì khả năng tái tạo và chất lượng. Nền tảng tự động hóa mở cung cấp cho người dùng sự linh hoạt trong các ứng dụng để điều chỉnh và tối ưu hóa các thử nghiệm khác trong quá trình phát triển.

Giải pháp phân tích dữ liệu

Có thể thực hiện phân tích dữ liệu cho Xét nghiệm Ung thư SureSelect CGP bằng cách sử dụng phần mềm tự thiết kế hoặc từ một nhà cung cấp khác*, cũng như phần mềm Alissa Interpret của Agilent hỗ trợ ra quyết định lâm sàng thành thạo và đáng tin cậy.

Alissa Intepret là một phần mềm báo cáo và diễn giải dữ liệu, là một phần của Nền tảng tin học lâm sàng Alissa. Phần mềm này cung cấp quyền truy cập trực tiếp vào các CSDL cập nhất nhất chứa thông tin về các dấu ấn sinh học, thử nghiệm lâm sàng và liệu pháp điều trị. Alissa Interpret nâng cao hiệu suất và năng suất, đồng thời giảm thời gian xoay vòng bằng cách xây dựng và tự động hóa quy trình đánh giá biến thể, cho phép phân loại và quản lý hiệu quả các biến thể soma có liên quan về mặt lâm sàng, đồng thời tạo báo cáo toàn diện và đáng tin cậy.

Bảng 1. Danh sách gen DNA trong Xét nghiệm Ung thư SureSelect CGP

Bảng 2: Danh sách gene RNA trong Xét nghiệm Ung thư SureSelect CGP