Những khoảnh khắc quyết định trong Y học chính xác - Định lượng và phát hiện đột biến KRAS với ddPCR

Đăng bởi Hiep TD - (Theo https://info.bio-rad.com/ddPCR_KRA) - 03/30/2022

Decisive Moments in Precision Medicine
KRAS Mutation Detection and Quantification with ddPCR

Faster Data, Better Decisions

In trang

Dữ liệu nhanh hơn, quyết định tốt hơn


KRAS Mutations - A Crucial Factor in Colorectal Cancer


Đột biến KRAS được tìm thấy trong 90% trường hợp ung thư tuyến tụy, lên đến 40% trường hợp ung thư đại trực tràng, cũng như các loại khối u khác, chẳng hạn như ung thư phổi, ung thư tuyến giáp và bệnh bạch cầu dòng tủy.


KRAS Mutations - A Crucial Factor in Colorectal Cancer


Điều trị đích ở nhiều bệnh ung thư đã cho phép tiến bộ chưa từng có trong kết quả điều trị bệnh nhân. Tuy nhiên, việc thực hiện thường quy xét nghiệm gen bị hạn chế do:


  • Lượng mẫu giới hạn (phạm vi từ pg-ng)
  • Những thách thức trong việc phát hiện tải lượng đột biến dưới 5%
  • Đánh giá chẩn đoán và thời gian quay vòng
  • Chi phí

KRAS Mutations - A Crucial Factor in Colorectal Cancer


Việc phát hiện đột biến KRAS trong các mẫu không xâm lấn có thể giúp chẩn đoán sớm ung thư tuyến tụy và đại trực tràng. Để tối ưu hóa các chiến lược trị liệu cá nhân, điều quan trọng là phải nhanh chóng sàng lọc các mẫu bệnh nhân để tìm sự hiện diện của nhiều đột biến KRAS.


KRAS Mutations - A Crucial Factor in Colorectal Cancer


Sự khác biệt của công nghệ giọt kỹ thuật số


ddPCR đã được gây dựng như một công cụ nhanh chóng và chính xác để phát hiện và theo dõi ngày càng nhiều loại ung thư khác nhau với những ưu điểm sau:


  • Sàng lọc nhiều đột biến với tỉ lệ 0,2% trong một giếng, giảm khả năng bỏ sót đột biến trong các mẫu FFPE cfDNA chất lượng kém và các mẫu FFPE cố định bằng formalin với số lượng DNA khuếch đại hạn chế
  • Không cần bước tiền khuếch đại – giúp giảm nguy cơ nhiễm và  lỗi
  • Độ nhạy cao, nhanh chóng, tiết kiệm chi phí khi chạy thông lượng cao 

KRAS Mutations - A Crucial Factor in Colorectal Cancer


“Bộ KRAS Screening Multiplex Kit đưa ra câu trả lời đơn giản là có hoặc không về việc liệu đột biến KRAS có tồn tại trong các mẫu nhỏ hơn hay không. Nếu các nhà nghiên cứu phải kiểm tra sự hiện diện của từng đột biến có thể xảy ra, thì cuối cùng họ có thể thực hiện bảy đến mười thí nghiệm PCR riêng biệt chỉ để phát hiện ra mẫu âm tính. Các bộ công cụ đa kênh như KRAS Screening Multiplex Kit cho phép các nhà nghiên cứu sàng lọc nhiều đột biến trong một phản ứng duy nhất, tiết kiệm thời gian và tài nguyên tốn kém. "  Dr. Filip Janku  ở trường University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston, TX.

KRAS Mutations - A Crucial Factor in Colorectal Cancer


Một số nghiên cứu gần đây


A Novel Multiplex Droplet Digital PCR Assay to Identify and Quantify KRAS Mutations in Clinical Specimens


Trong bài báo này, các tác giả đã trình bày một phương pháp Xét nghiệm ddPCR đa mục tiêu mới lạ và đơn giản để hỗ trợ xác định tình trạng đột biến và sự phân loại của các bệnh phẩm lâm sàng dựa trên việc kiểm tra gián tiếp DNA có nguồn gốc từ khối u được liên kết với


sự đa dạng theo phân đoạn của đột biến KRAS, được biết đến là nguyên nhân sớm trong ung thư tuyến tuỵ và các khối u  khác. Thử nghiệm này cho phép phát hiện và định lượng đồng thời các đột biến điểm KRAS phổ biến nhất, mở ra cơ hội để nhanh chóng xác định phản ứng lâm sàng và phát hiện dấu hiệu sớm của sự tái phát ở những loại ung thư trong đó đột biến KRAS là phổ biến và / hoặc là dấu hiệu của việc kháng điều trị. Thiết kế đa mục tiêu của các tác giả thúc đẩy chiến lược ddPCR đảo ngược được mô tả trước đây và liên quan đến các đầu dò cụ thể kiểu hoang dã nhắm mục tiêu là các điểm nóng đột biến nằm ở exon 2 (codon 12 và 13), exon 3 (codon 59, 60 và 61) và exon 4 (codon 146) để phát hiện ra một số đột biến ở độ nhạy tương đối khiêm tốn (giới hạn phát hiện thấp hơn khoảng 1%). Nó cũng có khả năng phát hiện các bộ khuếch đại KRAS mục tiêu bằng cách định lượng đồng thời một vùng của STAT6, một gen xa KRAS trên nhiễm sắc thể số 12.


Các  tác giả đã xác định được 13 đột biến ( G12S, G12R, G12D, G12A, G12V, G12C, G13D, G60V, Q61H, Q61L, A126V, A146T, và A146P) và khuếch đại KRAS mục tiêu trong 100 mẫu DNA tách chiết từ mẫu mô sinh thiết đông lạnh, mẫu FFPE, và mẫu sinh thiết lỏng.


Phương pháp ddPCR này cho thấy hiệu quả nhanh chóng, tiết kiệm chi phí, không bị ảnh hưởng bởi độ tinh khiết của các mẫu bệnh phẩm mang đột biến KRAS. Và phương pháp này có thể dùng cho theo dõi điều trị không xâm lấn để đánh giá đáp ứng điều trị lâm sàng cũng như nhận biết dấu hiệu sớm tái phát bệnh.


Measuring KRAS Mutations in Circulating Tumor DNA by Droplet Digital PCR and Next-Generation Sequencing


Trong bài báo này, các tác giả khẳng định việc phát hiện đột biến KRAS trong DNA ngoại bào thì ddPCR vượt trội hơn NGS trên cả hai khía cạnh: phân tích kết quả và khả năng tương thích với nhiều mẫu mô.


KRAS Mutations - A Crucial Factor in Colorectal Cancer


Tin liên quan: Sinh học phân tử
Life Science Education: BioScience in Harmony - HCM University of Science
Chương Trình Khuyến Khích Xuất Bản Bài Báo Khoa Học - Taiwan Advanced Nanotech Inc.
Droplet Digital PCR: Sàng lọc đa mục tiêu các đột biến KRAS trong mẫu DNA ngoại bào Ung thư đại trực tràng
TGX Stain-Free™ Precast Gels
Chặng đường 10 năm của ddPCR - Các mốc lịch sử
[Webinar] Campylobacter – Xu hướng toàn cầu và các quy định
[WEBINAR HỌC THUẬT] Các nguyên tắc cơ bản của kiểm soát chất lượng mẫu trong quy trình NGS
CFX OPUS - Một bước đột phá mới của qPCR
Hệ thống tự động Fluent® ứng dụng trong quy trình nghiên cứu bộ gen
[Hội thảo] Chia sẻ kinh nghiệm nghiên cứu Sinh học phân tử trong Y Sinh học



Những bản tin khác: