Tiêu Chuẩn Vàng trong Nghiên Cứu Dịch Tễ Mẫu Nước Thải (wastewater-based epidemiology – WBE)
Đăng bởi Ngau Nguyen - (Theo Bio-Rad) - 07/29/2021Tìm hiểu tại sao các nhà khoa học lại chọn ddPCR là tiêu chuẩn vàng trong Nghiên cứu Dịch tễ mẫu nước thải (wastewater-based epidemiology – WBE)
Hãy tưởng tượng đến khả năng xét nghiệm một ký túc xá hoặc một tòa nhà hàng chục hàng trăm người tất cả chỉ bằng một mẫu gộp.
Ngay cả khi vắc-xin COVID-19 được tung ra trên toàn cầu, các nhà khoa học và quan chức y tế công cộng đã đưa ra cảnh báo về các biến thể mới của SARS-CoV-2 liên tục xuất hiện. Bằng việc sử dụng ddPCR cho Dịch tễ học dựa trên mẫu nước thải, các nhà khoa học có thể phát hiện vi rút 6 ngày trước các xét nghiệm lâm sàng ở độ nhạy của 1 cá thể bị nhiễm trong 10.000 người – điều này cực kỳ quan trọng khi chỉ có 32% cá nhân bị nhiễm đi khám bệnh.
Thử thách của Dịch tễ học nước thải là gì?
- Tải lượng virus thấp
- Chất ức chế PCR trong mẫu nước thải
Mặc dù có rất nhiều nghiên cứu ban đầu được thực hiện với qPCR để kiểm tra nước thải, nhưng các kết quả đang cho thấy rằng PCR vi giọt kỹ thuật số (ddPCR) cung cấp các câu trả lời chất lượng hơn. Nhạy hơn và có khả năng chống lại các chất ức chế trong mẫu nước thải cao hơn. Do đó, PCR vi giọt kỹ thuật số đang nhanh chóng được chấp nhận làm tiêu chuẩn vàng mới cho Covid-19 WBE:
- Định lượng tuyệt đối: Đếm trực tiếp phân tử DNA và loại bỏ dựng đường chuẩn
- Chống chịu chất ức chế: End-point PCR tách biệt định lượng khỏi ảnh hưởng của hiệu suất khuếch đại
- Độ nhạy cao: Chia nhỏ phản ứng cho phép tăng nồng độ của các mục tiêu hiếm trong mẫu
- Phân biệt & Định lượng các biến thể: Định lượng chính xác số lượng bản sao của cả bộ gen kiểu hoang dại và biến thể
"Quy trình RT-ddPCR 1 bước có lợi cho khảo sát nước thải vì phản ứng RT được thực hiện trong các giọt riêng lẻ, có thể làm giảm sự ức chế phản ứng RT tốt hơn so với ở dung dịch thể tích lớn, như trong quy trình 2 bước hay trong quy trình RT-qPCR" - trích từ hướng dẫn Wastewater Surveillance Testing Methods của CDC-US
Kit định lượng mẫu nước thải PREvalence ddPCR SARS-CoV-2
Bộ kit định lượng mẫu nước thải PREvalence ddPCR SARS-CoV-2 mới bao gồm hóa chất phát hiện, mẫu đối chứng và mastermix để phát hiện vi rút SARS-CoV-2 trong nước thải (nước cống). Bộ kit chứa hóa chất đủ cho 200 phản ứng. Sử dụng công cụ phần mềm tự động để phân tích.
