Đánh giá chất lượng bên ngoài (EQA) là bắt buộc trong quy trình đảm bảo chất lượng của nhiều phương pháp tách chiết DNA. Đánh giá chất lượng DNA dựa trên tính toàn vẹn và ước tính kích thước phân tử được thực hiện bằng cách sử dụng điện di gel truyền thông hoặc hệ thống điện di tự động (ví dụ hệ thống Agilent 2100 Bioanalyzer).

Ở đây, chúng tôi đánh giá hệ thống điện di tự động Agilent 4200 TapeStation, trong bối cảnh của Thử nghiệm “Proficiency Testing” chứng thực bởi tổ chức ISBER do IBBL tổ chứng, dành cho:

Phương pháp tách chiết DNA tự do ngoại bào (cfDNA) từ huyết tương trích xuất từ máu toàn phần được thu thập trong các ống cfDNA của PaxGene; sử dụng spiked-in DNA là các ultramer DNA mạch đôi (dsDNA) dài 200 bp, bao phủ các đột biến ung thư chuẩn.

Hệ thống điện di tự động TapeStation 4200

• Hệ thống điện di tự động
• Định dạng nạp mẫu: đĩa 96 giếng hoặc strip 16 tuýp (2x8);
• Sử dụng ScreenTape riêng lẻ chứa 16 lanes, cho phép chạy 15 mẫu và 1 ladder;
• Sử dụng nhiều ScreenTape để nạp tối đa 96 mẫu.
• Sử dụng 1 μl thể tích mẫu cho mỗi lần chạy với nồng độ từ 10-100 ng/μl cho gDNA và  10-1000 pg/μl nếu sử dụng High Sensitivity D5000 ScreenTape assays.

Phương pháp kiểm tra chất lượng mẫu cfDNA trên hệ thống điện di tự động TapeStation 4200

Kiểm tra chất lượng cfDNA bằng nhiều hệ thống để tìm ra hệ thống phát hiện tốt nhất:

• Hệ thống kit 4200 TapeStation High Sensitivity D1000
• Hệ thống kit 4200 TapeStation High Sensitivity D5000
• Hệ thống kit 2100 Bioanalyzer DNA 1000;
• Đánh giá chất lượng tách chiết cfDNA dựa trên phần trăm diện tích tích hợp xung quanh đỉnh 200 bp, tương ứng với kích cỡ của spiked-in dsDNA ultramers.

Kết quả kiểm tra chất lượng cfDNA bằng ScreenTape D5000 độ nhạy cao

Đối với cfDNA, các kết quả sau đây được lấy từ tất cả những mẫu tham gia (Hình 4, 8):

Hình 4: cfDNA phân lập từ huyết tương được phân tích với kit thử nghiệm HS DNA5000 ScreenTape Assay. Dải L1 là thang chuẩn “DNA ladder”.

• Diện tích tích hợp 81-89% tương ứng với đỉnh 200 bp của spiked-in DNA;

• Nhiễm tạp bởi gDNA của tế bào thể hiện rõ trong các mẫu từ một số người tham gia;

• Bộ kit TapeStation HS D5000 thể hiện vượt trội hơn bộ kit Bioanalyzer DNA1000 và kit TapeStation HS D1000.

Hình 8. Kết quả “Proficiency Testing”.

Hệ thống điện di tự động 4200 TapeStation rất phù hợp cho mục đích kiểm soát chất lượng các mẫu DNA được chiết xuất từ ​​nền mẫu lâm sàng; khả năng sàng lọc thông lượng cao và tính năng thân thiện với người dùng. Riêng đối với cfDNA, hệ thống điện di tự động 4200 TapeStation cho phép đánh giá đồng thời kích cỡ mẫu cfDNA được tách chiết và bất kỳ sự nhiễm tạp tiềm tàng nào bởi DNA của bạch cầu.

Kết luận về việc kiểm tra chất lượng cfDNA bằng TapeStation 4200

Hệ thống điện di tự động 4200 TapeStation cung cấp nhiều thông tin hơn hệ thống điện di tự động 2100 Bioanalyzer và vô cùng phù hợp cho việc kiểm soát chất lượng DNA tách chiết từ nền mẫu lâm sàng. Hệ thống này cho phép thực hiện thông lượng cao (high throughput), thân thiện với người dùng và đưa ra chỉ số toàn vẹn DNA (DIN) – chỉ số chất lượng cho mẫu DNA. Đặc biệt đối với cfDNA, hệ thống điện di tự động 4200 TapeStation cho phép đánh giá đồng thời kích cỡ mẫu cfDNA được tách chiết và bất kỳ sự nhiễm tạp tiềm tàng nào bởi DNA của bạch cầu