Giải trình tự bộ gen với công nghệ "On-flow cell weighted low pass" giúp đơn giản hóa và đẩy nhanh quy trình chọn giống trong nông nghiệp
Đăng bởi Ha Huynh - (Theo elementbiosciences.com) - 03/27/2024Kỹ thuật giải trình tự “Low pass sequencing” cùng với kỹ thuật “suy đoán kiểu gene” đã được chứng minh là một giải pháp thay thế hiệu quả về mặt chi phí cho việc xác định kiểu gene dùng kỹ thuật microarray, giúp lập bản đồ đặc điểm kiểu gene - kiểu hình trong lĩnh vực nông nghiệp.
[ENG] Low-pass genome sequencing along with genotype imputation has been shown as a cost-effective alternative to genotyping arrays for trait mapping in the agriculture field. While research has shown the feasibility of driving down the sequencing depth to 1x or 0.5x, coverage uniformity throughout the genome and low coverage of important trait sites usually make it challenging to increase sample numbers in each sequencing run to further drive down sequencing depth. To resolve this, additional target capture library preparations to enrich the interest sites can provide valuable information when combined with low-pass sequencing. However, these additional library preparation processes are usually costly and complex. Recently, we explored the application of a probe-specific flow cell to enable low-pass sequencing and selected enrichment simultaneously, using a standard whole genome sequencing library.
[VIE] Kỹ thuật giải trình tự “Low pass sequencing” cùng với kỹ thuật “suy đoán kiểu gene” đã được chứng minh là một giải pháp thay thế hiệu quả về mặt chi phí cho việc xác định kiểu gene dùng kỹ thuật microarray, giúp lập bản đồ đặc điểm kiểu gene - kiểu hình trong lĩnh vực nông nghiệp. Mặc dù nghiên cứu đã cho thấy tính khả thi của việc giảm độ sâu giải trình tự xuống 1x hoặc 0,5x, tuy đạt độ bao phủ đồng nhất trên toàn bộ bộ gen nhưng độ bao phủ thấp ở các vùng quan trọng thường gây khó khăn cho việc tăng thêm lượng mẫu trên mỗi lần giải trình tự. Để giải quyết vấn đề này, việc chuẩn bị bổ sung thư viện mục tiêu để làm phong phú thêm các vùng quan tâm giúp cung cấp thêm thông tin có giá trị khi kết hợp với giải trình tự “low-pass”. Tuy nhiên, quá trình chuẩn bị thư viện mục tiêu thường tốn kém và phức tạp. Gần đây, chúng tôi đã phát triển ứng dụng “probe-specifc flow cell” cho phép thực hiện đồng thời giải trình tự thông lượng thấp và làm giàu mục tiêu, sử dụng quy trình giải trình tự toàn bộ gene tiêu chuẩn.
Xem thêm tại đây
