Thuốc nhuộm huỳnh quang gel protein, khi sử dụng kết hợp với hệ thống chụp ảnh tương thích, là cách tiếp cận vượt trội trong phân tích protein so với thuốc nhuộm Coomassie hay nhuộm bạc. Nhuộm gel huỳnh quang có nhiều ưu điểm như là khoảng tuyến tính rộng hơn, độ nhạy cao hơn và có thể sử dụng để phân tích khối phổ. Bio-Rad có cung cấp 3 loại thuốc nhuộm huỳnh quang để tối ưu cho mỗi loại máy chụp ảnh khác nhau.
- SYPRO Ruby protein gel stain - thuốc nhuộm gel được sử dụng rộng rãi nhất cho điện di 2-D, thuốc nhuộm gel protein SYPRO Ruby dễ sử dụng tương thích với phương pháp giải khối phổ và ứng dụng giải trình tự dựa trên phương pháp của Edman. Có thể đọc tín hiệu của thuốc nhuộm SYPRO Ruby bằng các hệ thống truyền suốt anh sáng UV, ánh sáng xanh hoặc các máy quét laser.